El Instituto Homeopático y Hospital de San José fue el primer hospital de España que se dedicó a la homeopatía y declarado Bien de Interés Cultural en 1997.
Se encuentra en la calle de Eloy Gonzalo, antigua calle de la Habana y fue construido en 1874 bajo el proyecto de José Segundo de Lema, a expensas de la Sociedad Hahnemanniana Matritense, que consistía en un grupo de médicos homeópatas madrileños, siendo inaugurado en 1878. El solar se compró por suscripción nacional.
El edificio tiene forma de U y consta de un cuerpo central con galería corrida en los dos pisos y flanqueado por dos alas salientes.
José Núñez Pernía, marqués de Núñez, fundador del hospital, fue enterrado en el jardín, donde permaneció hasta 1994, año en que se trasladaron sus restos a la capilla.
La princesa de Asturias, Isabel de Borbón y Borbón, visitó el edificio en 1879 en compañía de la madre superiora de las Siervas de María, Bibiana Antonia Manuela Torres Acosta, la que luego beatificarían con el nombre de Santa María Soledad Torres Acosta. Desde ese momento la princesa llevaría el cargo de Presidenta de Honor de la Junta Protectora del Hospital, pagando el costo anual de una cama de adulto del hospital. Las Siervas de María se harían cargo del hospital durante los primeros diez años, pasando el cargo después a las Hijas de la Caridad.
En 1980 se cerró el edificio afectado por unas obras importantes en las salas laterales, trasladándose las actividades principales al edificio contiguo. En 1994 se presentó un proyecto de restauración del centro que concluyeron en 2009, con un edificio totalmente restaurado por los arquitectos Emilia Checa e Ignacio de las Casas, reanudándose paulatinamente sus actividades.
Se ha respetado su estructura original de madera potenciando la estructura con el color, empleando el granate, guinda y verde. Ahora recupera su actividad docente y médica, además de albergar el Museo de la Farmacia y la Homeopatía.
Durante los años de abandono a los que estuvo sometido el edificio, asomarse a sus verjas los días grises o al atardecer, era contemplar uno de los lugares más tétricos que podíamos encontrarnos en el centro de Madrid. Esa imagen durante años no es fácil olvidar cuando has podido contemplarlo durante muchos años.